Tras los destrozos ocasionados por la Guerra de la Independencia y por el abandono del monasterio en los años 1820-23 (Desamortización del Trienio Liberal), los monjes se vieron obligados a rehabilitar el monasterio, siendo la iglesia conventual de nuevo consagrada en el año 1827.

De todas las dependencias de la cartuja, como es habitual, hemos de destacar sobre todo la iglesia, en especial su interior. Presenta una estructura muy simple consistente en una planta de cruz layina de una sola nave con una interesantísima Capilla del Sagrario detrás de la cabecera (similar a la que se encuentra en la iglesia de Aula Dei), capilla típica y característica de las cartujas españolas y "celda" del Cuerpo de Cristo, primero entre los cartujos. Dicho templo se cubre con bóvedas de cañón con lunetos, a excepción del crucero que presenta cúpula semiesférica. Estas cubiertas aparecen decoradas por unas interesantes pinturas murales ejecutadas por el citado fray Ramón Almor, en las que hallamos una iconografía similar a las pinturas de las bóvedas de la iglesia de la cartuja de Nuestra Señora de las Fuentes. Los temas, representados con vivos colores, son los Esponsales de la Virgen, la Anunciación, la Visitación, la Adoración de los pastores, la Circuncisión, la Presentación y la Purificación, la Adoración de los Reyes Magos, las virtudes Fe, Esperanza, Caridad y Religión, la Coronación de la Virgen, los padres de la Iglesia, etc. Aunque ha desaparecido el mobiliario y el muro de mediana altura que separaba los coros de padres y hermanos (ubicado este último a los pies del templo) y a pesar de que su estado de conservación no es bueno, el templo todavía no ha perdido su belleza y solemnidad, pudiendo apreciarse aquellas palabras escritas por Giovanni Leoncini, especialista en arquitectura cartujana, cuando habla de la sensación que produce la contemplación de una casa de los hijos de San Bruno: "Aunque no se eleve el canto de los monjes, una iglesia cartujana será siempre reconocible y no sólo por las características propias de su estructura, sino por la atmósfera que allí reina, que invade los vacíos asientos del coro, por simples o ricos que sean, que sube hasta las bóvedas desnudas o cubiertas de decoraciones y de frescos. Más todavía, el gran claustro, renacentista o barroco, francés o italiano, con sus solemnes espacios, las largas galerías, las celdas, el silencio, indicarán siempre que nos hallamos en una cartuja".