Así mismo el equipo llega a tres finales de Copa: en 2001, donde ganará al Celta de Vigo por 1-3, en 2004 donde vence al Real Madrid por 3-2 y en 2006 donde el RCD Espanyol les derrota por 4-1. En medio en la temporada 2001/02 se desciende a Segunda División recuperando la primera categoría la temporada siguiente. Y en la temporada 2004/05 se gana la Supercopa de España al Valencia CF, después de perder por 0-1 en La Romareda y ganar en Mestalla por 1-3 .

En la temporada 2005/06 el clúb logra llegar a la final de la Copa del Rey tras derrotar a todos los presuntos grandes de la primera division española. Primero derrota al At. de Madrid. después al Barcelona (campeón de la liga y champions en esta temporada) y después humilla al Real Madrid al ganarle por 6 a 1 en la Romareda con 4 goles de Diego Milito y 2 de Ewerthon. ya en la final, el Español de Barcelona se impone en un partido extraño y mal jugado del Zaragoza.

En la temporada 2006/07 el Club cambia de propietario, haciéndose cargo el empresario Agapito Iglesias y Eduardo Bandrés como presidente, volviendo Víctor Fernández al banquillo.