Es en la década de los 60, el club vive sus mejores años con el mítico equipo de "Los Magníficos", delantera formada por Canario, Santos, Marcelino, Villa y Lapetra, que llevaron el equipo a cuatro finales de Copa del Rey, (en 1963, 1964, 1965 y 1966) de las que ganaron dos (1964 tras vencer al Atlético de Madrid 1-2 con goles de Lapetra y Villa; y 1966 frente al Athletic de Bilbao con goles nuevamente de Villa y Lapetra), a dos finales de la Copa de Ferias (1964 y 1966) de la que ganarían la primera frente al Valencia CF con goles de Villa y Marcelino, y a una semifinal de la Recopa de Europa (1965, siendo derrotados ahí ante el West Ham Utd).