Los orígenes de Jaén se remontan a la etapa calcolítica, destacando el yacimiento de Marroquíes Bajos, una macroaldea organizada en cinco círculos concéntricos, con un sistema de empalizada y fosos de agua en cada uno de los círculos, y una superficie que oscila entre las 30 hectáreas seguras y las 100 probables.

Durante la etapa protohistórica destaca el oppidum ibérico de Puente Tablas, que fue abandonado antes de las Guerras Púnicas. Otro núcleo ibérico se estableció en la falda del Cerro de Santa Catalina, que fue tomado por Publio Cornelio Escipión durante la Segunda Guerra Púnica, pasando a ser una "ciudad" estipendiaria, es decir, bajo vigilancia militar y tributo debido a su apoyo a Cartago. Durante el final de la república y principios del Imperio Romano, la ciudad fue romanizándose hasta que el emperador Vespasiano (69-79) o tal vez su hijo Tito (79-81 que le dieron el rango de municipio con derecho latino, conociéndose en adelante como Municipio Flavio Aurgitano o Aurgi.

Tras la etapa romana y visigoda, Aurgi pasó a ser sometida durante la invasión árabe, durante la cual recibió el nombre de Yayyan, «cruce de caravanas». La victoria de los cristianos en la Batalla de las Navas de Tolosa (1212) supuso la apertura del valle del Guadalquivir para los ejércitos cristianos. De esta forma, la ciudad fue reconquistada por el Reino de Castilla bajo el reinado de Fernando III el Santo a través de un pacto de vasallaje con el rey nazarí de Jaén, Muhammad I (nacido en Arjona y quien ordenó levantar la Alhambra de Granada), en el año 1246, con el nombre de Iahen, que daría lugar al topónimo actual.

En los años siguientes, hasta la conquista de Granada, Jaén jugó un papel importantísimo en la lucha con los musulmanes del sur. De hecho sufrió varios intentos de asalto y dos saqueos importantes, uno en 1300 y otro en 1369. Tal fue la importancia de la plaza jiennense que el Rey de Castilla Enrique II otorga a Jaén el título de «Muy noble y muy leal, guarda y defendimiento de los reinos de Castilla», dotándola a su vez de un Concejo propio y Cabildo, privilegios que se verían acrecentados con la llegada a Jaén del Privado del rey Enrique IV, el Condestable Don Miguel Lucas de Iranzo al cual están dedicadas las fiestas patronales de la ciudad.

Conquistada Granada en 1492, Jaén cae en un lento y paulatino declive, del que se recupera en el Siglo XVII en que en la ciudad se crea un potente gremio de artesanos que favorecieron el comercio interior y exterior. Jugó un papel importante en el plano cultural, social y militar en la conquista y asentamiento en la América Hispánica.

Importantes serán las luchas agrarias que se desarrollarán a comienzos del siglo XX y hasta el fin de la guerra civil, protagonizadas por los jornaleros sin tierra, donde el socialismo crecerá como en ningún sitio. Durante la Dictadura, hasta entrados los años 50 no consiguieron eliminar la resistencia de los maquis en las sierras jiennenses.

Actualmente, Jaén es una ciudad de servicios, con una gran actividad agraria basada en el monocultivo del olivar.