El tramo mejor conservado de la muralla se encuentra en el paseo de los Cubos, llamado así por los cubos semicirculares que jalonan el tramo de muralla que aquí se encuentra, y que rodeaba el perímetro de la ciudad en el siglo XIII.

La puerta de Santa María, la más conocida de la ciudad, es, junto con las agujas de la catedral y la silueta de los restos del castillo, una de las perspectivas más conocidas y bellas de Burgos. Tiene forma de arco de triunfo, pues fue realizada en honor del emperador Carlos V. La fachada que cubre el arco fue finalizada en 1553 por Juan de Vallejo, y en ella quedan representados distintos personajes importantes en la historia de Burgos, como el conde Diego Porcelos, los jueces castellanos Laín Calvo y Nuño Rasura, el emperador Carlos V, el Cid y el conde Fernán González. En la parte superior queda el ángel custodio de la ciudad y en una hornacina la patrona de la ciudad, Santa María.

La puerta de la Judería se encuentra casi al final del paseo de los Cubos, y es llamada así porque era la utilizada por los judíos para acceder a su barrio.

El arco de San Martín, en herradura, fue construido con ladrillo y piedra por maestros alarifes mudéjares. Esta puerta era utilizada por los reyes en sus visitas reales a la ciudad, y por ella los peregrinos salen dirigiéndose a Santiago, siendo muestra de ello la concha que se encuentra en el intradós del arco.

El arco de San Esteban se encuentra en el tramo de muralla existente en la calle del mismo nombre. Esta puerta es la manifestación del Burgos medieval, y es sin duda la más interesante desde el punto de vista arquitectónico de todas las puertas o arcos que se conservan de la cerca primitiva.