En 1922 nace el Burgos CF, durante un tiempo se denominó Gimnástica Burgalesa para en 1949 denominarse de nuevo Burgos Club de Fútbol. Los primeros éxitos vienen de la mano de la presidencia de José Luis Preciados, escalando categorías hasta llegar a Primera división.

En la temporada 71-72 el Burgos Club de Fútbol se estrena en Primera división. A finales de los 70 consigue sus mejores resultados, destacando por encima de todos la figura de Juanito, quién ficharía posteriormente por el Real Madrid. También en esta época destacaron los guardametas Manzanedo y el mediocentro Miguel Ángel Portugal.

A principios de los años 80 el club sufre una grave crisis ecónomica que se consuma con su desaparición en 1983, siendo el filial del equipo, el Burgos Promesas, cambiado de denominación a Real Burgos C.F. para hacer de club puente.

En 1994 José María Quintano refunda el club ascendiendo consecutivamente cada campaña desde la antigua Regional Ordinaria hasta Segunda B. En 2001 el equipo llegó a la Segunda división (tras disputar 3 fases de ascenso) gracias a un tanto de Dani Pendín. Mantuvo bien la categoría bajo la batuta de Enrique Martín, pero la obligatoriedad de convertirse en Sociedad Anónima Deportiva (a pesar de las ofertas existentes no se consumó ninguna debido a la resistencia del presidente Quintano a perder su puesto en el equipo que había fundado en 1994)llevó al equipo a descender nuevamente, aprovechándose de la situación el Levante. Actualmente participa en la Segunda división B española en el Grupo II.